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이상돈. 2005. 한국습지학회 논문우수상 수상 (2005. 2. 2)
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이상돈. 2005. 한국환경생물학회 논문 우수발표상 (2005. 12.16) - 재두루미의 월동서식특성분석을 통한 비무장지대 내 중점보전지역 설정
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이상돈. 2006. 환경부장관상 수상 (2006. 2. 2) - 우리나라 습지보전에 기여하며 2008년 람사총회 국내유치에 기여함
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박지은, 이상돈. 2008. 한국습지학회 정기학술발표대회 우수논문상 (2008. 2.2). ‘주남저수지에 도래하는 쇠기러기의 PVA에 의한 생존확률 추정연구'
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이상돈. 2008. 한국물학술단체연합회 학술상수상 (2008.2.29) - 우리나라 습지보전과 습지생태에 기여한 공로
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이상돈. 2009. 한국습지학회 표창장 (2009. 2.2.) - 우리나라 습지보전에 기여한 공로
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이상돈. 2010. 한국습지학회장 논문상 (2010.2.3.) - 습지, 수자원분야 연구향상에 기여함
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이상돈. 2011. 한국환경생태학회 저술상 (2011.4.15) - 도로와 환경
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이상돈. 2011. 국무총리표창장 (2011.12.15) - 하천수변공간조성을 통한 국가산업발전 공로
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이상돈. 2014. 한국습지학회 학술상. (2014.7.10)
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이상돈. 2015. 한국습지학회 표창장. (2015.05.21)-습지환경 보전 및 기술발전 공로
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