스크랜튼학부 학생은 특정 전공 영역 없이 자유전공으로 입학하여 강화된 기초교육 등 다양한 분야를 공부한 후에 1학년 말에 자신의 주전공을 결정한다. 주전공은 전통적 학문 분과 경계를 극복하고 교육의 차원을 다원화한다는 의미에서 사범대나 예체능계열등 특수 몇몇 학과를 제외하고 문과나 이과의 구분 없이 선택이 가능하다. 즉, 문과생도 물리학을 주전공으로 선택할 수 있고 이과생도 영문학을 주전공으로 선택할 수 있다.
 
 스크랜튼학부는 동시에 최고의 인재를 양성하기 위해 Honors Program을 운영하고 있으며 따라서 스크랜튼학부 학생들은 필수적으로 주전공 이외에 스크랜튼학부의 융합학문 분야인 자기설계전공을 Honors Program의 일환으로 이수하여야 한다. 이를 위해 스크랜튼학부에서는 융합적 학문 트랙인 5개의 세부 전공 트랙을 설정, 제시하고 있으며, 학생들은 이 중 하나를 자기설계전공으로 자유롭게 선택, 이수한다. 예를 들어, 경제학을 주전공으로 택한 학생이 “통합적 문화연구” 트랙을 자기설계전공으로 택할 수 있으며, 혹은 국제학을 주전공으로 택한 학생이 “사회와 정의” 트랙을 자기설계트랙전공으로 선택할 수 있다. 자기설계전공트랙의 선택 역시 문과 이과의 구분 없이 가능하다. 스크랜튼학부에서 미리 설정, 제시되는 5개의 트랙들 이외의 내용을 전공하고자 하는 학생들은 지도교수의 지도 아래 자신만을 자기설계트랙을 구성하여 이수할 수 있다. 이 경우 스크랜튼학부의 자체 심사를 거쳐 승인을 얻어야 한다. 이렇듯 스크랜튼학부생들에게는 포괄적인 전공 선택 우선권이 주어져 있기 때문에 주전공과 자기설계전공 선택시 문과, 이과의 구분, 성적, 인원 등에 아무런 제약이 없이 자유롭게 선택할 수 있는 장점이 있다.
 
스크랜튼학부의 이러한 Honors Program의 교과과정과 스크랜튼학부에서 제공되는 특별프로그램들을 성공적으로 이수한 학생들에게는 우수 인재들의 네트워크인 Honor Society에의 가입 자격이 주어지며, 졸업 후 광범위한 인적 네트워크로 활용할 수 있게 된다.